O material didático do Sistema de Ensino Dom Bosco baseia-se em três perspectivas teórico-metodológicas: interacionismo, interdisciplinaridade e pensamento complexo.
O interacionismo é uma concepção que prioriza a análise dos reflexos do mundo exterior no interior dos indivíduos, pela interação deles com a realidade. Trata-se, portanto, de uma visão sociocultural.
A interdisciplinaridade fundamenta-se no esforço para superar a visão fragmentada do conhecimento. Embora seja aprendido individualmente, o saber é uma totalidade. O todo é formado pelas partes, mas não implica apenas a soma delas; é maior que elas. Assim, a natureza complexa do próprio ato educativo exige explicação e compreensão pluridisciplinares.
A proposta para o modelo de pensamento complexo é a visão de equilíbrio entre o pensamento linear e o sistêmico. Ela pode se traduzir pelo equilíbrio entre os seguintes pontos: razão e intuição, indivíduo e grupo, conteúdos e processos, conhecimento e imaginação, quantidade e qualidade, avaliação e aprendizagem. Completa-se com a ideia da interdisciplinaridade. Está pautado no princípio da dialógica, que compreende ideias contrárias sem excluí-las. “É o conhecimento voltado para um saber que nos permite reconhecer as incertezas de sua origem e seus limites lógicos”. (Edgar Morin)